Загребачко-љубљанска епархија обухвата српска насеља на подручју Горње Славоније, односно данашње северне Хрватске. Од XВИ до XИX века ови простори били су у саставу (аустријске) Славонске крајине, односно Вараждинског генералата, а данас ову Епархију чини и читаво подручје Словеније.
Поменуту територију углавном су насељавали Срби из Босне и Србије који су долазили у ове крајеве са својим духовним вођама, свештеницима и калуђерима. Због новопридошлих Срба, папа Еуген ИВ шаље 1438. године на просторе старе Славоније свог мисионара Јакова де Марћија, да те „шизматике“ преобрати у „римску веру“, а ако у томе не успије, да их прогна. На просторима данашње Загребачко-љубљанске епархије, српско православно свештенство среће се у вријеме Катарине Бранковић, кћери српског деспота Ђурђа Бранковића.
Удајом (1434. године) за грофа Улриха ИИ Цељског, она је повела из Смедерева, поред пратње и дворјана, себи духовника-свештеника. Њеним заузимањем, преписана је 1454. године у Вараждину богослужбена књига Апостол, прва до сада позната српско-словенска књига написана на тим просторима. У Вараждинском апостолу, који се чува у Музеју Српске православне цркве у Београду, сачуван је и запис у којем је, поред осталог, записано да је ова богослужбена књига написана „при благочестивој и христољубивој госпођи и кнегињи Кантакузини, кћери деспота Ђурђа, самодршца српског.“
Од обнове Пећке патријаршије 1557. године, у време српског патријарха Макарија Соколовића, над православним Србима Старе Славоније духовни надзор врши пожешки митрополит, који столује у манастиру Ораховици. Митрополит пожешки Василије, због турског зулума, прелази почетком октобра 1595. године из манастира Ораховице на подручје Горње Славоније и остаје у Ровишту, близу турске границе, како би био што ближе свом народу под Турцима. Владика Василије је на новим просторима основао епископију, са седиштем у манастиру Марчи, по којем је и прозвана Марчанском епархијом. У историјским изворима, ово Владичанство се још назива: Свидничка, Вретанијска, Ускочка епархија. Марчански архијереји водили су тешку борбу против агресивног римокатоличког прозелитизма и њиховог програма уније.
Поред манастира Марче, друго духовно средиште православних Срба тог подручја био је и остао манастир Лепавина. Игуман лепавински Кондрат убијен је 1716 . године, бранећи чистоту Православне вере. Убили су га разјарени унијати на вратима лепавинског храма. Под великим притиском Римокатоличке цркве, посебно загребачког бискупа, Срби су изгубили манастир Марчу, али су сачували своју Православну веру и национални понос. Као духовни наставак Марчанске епархије, 1734. године устројена је Лепавинско-северинска епископија, са седиштем у манастиру Лепавини, а касније у Северину. Ово Владичанство сједињено је 1754. године са Костајничко- зринопољском епархијом, да би касније, 1771. године, територија Лепавинско-северинске епархије била сједињена са Пакрачким владичанством.
Ово јединство остало је до 1931. године, када је основана Загребачка епархија, у рангу митрополије, са седиштем у Загребу. За првог митрополита изабран је Доситеј Васић, учени богослов, човек широких погледа и разумевања у односима са другим народима и вероисповестима. На самом почетку Другог светског рата, 7. маја 1941. године, митрополита Доситеја усташе су ухапсиле и држале заточеног у полицијском затвору у Петрињској улици. О његовом страдању сведочи и изјава белгијског конзула Арнолда Роберта, који је кроз отвор на вратима ћелије број 8. видевши телесно унакаженог митрополита Доситеја, рекао: „Но, богами, ово је дивљаштво шта ови људи раде.“ По сведочењу Божидара Церовског, шефа усташке полиције у Загребу, „Митрополит је био тако страшно измрцварен да је једва жив утрпан у воз за Београд“. Као тешког болесника, Немци га пребацују у Београд, где је од задобијених физичких и психичких рана преминуо 14. јануара 1945. године.
После Другог светског рата, Загребачком епархијом као и осталим владичанствима на територији Хрватске управљао је све до 1947. године викарни епископ Арсеније Брадваревић. Њега је наслиједио Дамаскин Грданички, пре тога владика банатски; а после његове смрти 1969. године овом епархијом је администрирао славонски владика Емилијан Мариновић. На редовном засиједању Светог архијерејског сабора 1977. године, духовни надзор над овом епархијом поверен је епископу лепавинском Јовану (Павловићу) који је, 1982. године, изабран за Митрополита загребачког. На приједлог митрополита Јована, ова епархија је 1983. године проширила свој назив у Загребачко-љубљанска епархија.